Para el congreso se conformaron cinco comisiones de trabajo que analizaron la crisis global, la reconstitución de los pueblos y los Estados Plurinacionales; la crisis climática y el «Buen Vivir» de los pueblos; la defensa de los territorios y la Madre Naturaleza: megaproyectos de la IIRSA en territorios indígenas; criminalización y militarización, diplomacia indígena e incidencia política internacional; y coordinación continental de los pueblos indígenas.

Entre los principales acuerdos se encuentran:

Los países miembros de la CAOI enfrentarán el cambio climático cuestionando el modelo neoliberal extractivista que saquea, depreda y contamina a la Madre Tierra. Y se exigirá el reconocimiento de la deuda ecológica y climática, que tienen los países contaminantes y extractores de las riquezas de los pueblos originarios.

Exigir a los gobiernos nacionales cumpla con efectuar la consulta para el consentimiento previo, libre e informado de los pueblos originarios antes de implementar modelos y leyes de “desarrollo” que afectan a los pueblos originarios.

Dar carácter vinculante a las decisiones del Tribunal Internacional de Justicia Climática de los Pueblos, a partir de la redacción y aprobación por Naciones Unidas de una Declaración Universal de Derechos de la Madre Tierra, a fin de que se sancione a los responsables del cambio climático: las transnacionales de los países ricos y los gobiernos cómplices de los países pobres.

Incidir como pueblos originarios en todas las instancias nacionales e internacionales con propuestas para enfrentar el calentamiento global.

Exigir de los gobiernos nacionales el respeto y la efectivización de los Convenios Internacionales sobre Biodiversidad.

Recuperar y fortalecer los saberes ancestrales de cuidado de la Madre Tierra, revalorando nuestra identidad; fortaleciendo las alternativas propias de uso de los recursos naturales y rechazando las falsas soluciones propuestas por los gobiernos nacionales y organismos internacionales.

Rechazar y exigir a los gobiernos nacionales para que NO sigan otorgando concesiones a las industrias extractivas que destruye a nuestra Madre Tierra.

Participar en la Cumbre Climática de Cochabamba convocada por el Presidente Evo Morales, así mismo en la COP 16 de México en noviembre de 2010.

Fortalecer alianzas con todos los sectores y actores sociales de los países que conforman la CAOI para luchar contra los gobiernos y organismos nacionales e internacionales neoliberales que afectan a los derechos de los pueblos.
Exigir a los estados y organismos internacionales el respeto a la autodeterminación y el reconocimiento de nuestras propias formas de elección, ejercicio de la autoridad y la administración de justicia o Derecho Mayor.

La CAOI, rechaza la Iniciativa para la Integración de la Infraestructura Regional Suramericana (IIRSA), por los impactos que generan los megaproyectos que vienen implementando los gobiernos y organismos internacionales.

Fortalecer el Observatorio y Defensoría Jurídica junto con otros sectores sociales, en la Movilización Internacional a celebrarse el 12 de octubre e incidir en los foros internacionales en los temas concernientes a criminalización y militarización.

Rechazar la instalación de bases militares y toda intervención militar extranjera por poner en peligro la seguridad continental, y la contaminación de nuestras tierras, aire y agua, en los territorios indígenas.

Rechazar la criminalización y militarización en nuestros países, que son propiciadas como mecanismos para garantizar el saqueo de nuestros recursos naturales por las empresas transnacionales.

Denunciar a los gobiernos de los países miembros de la CAOI cuando se produzca la muerte de luchadores y dirigentes indígenas; incidiendo en el cumplimiento de Convenio 169 de la OIT y Declaración Universal de los Derechos de los Pueblos Indígenas de la ONU.

Apoyar y participar en la campaña que se realiza en Colombia por los pueblos indígenas en riesgo de extinción.

Constituir una agenda continental de mujeres, e incidir en espacios internacionales y avanzar en la coordinación continental de mujeres indígenas.

Apoyar y participar en la I Cumbre Continental de Comunicación a realizarse en Cauca – Colombia.